控制饮用水卫生与安全的指标包括微生物学指标、水的感官性状和一般化学指标、毒理学指标、放射性指标四大类。

　　水是传播疾病的重要媒介，因此微生物学指标是饮用水重要的安全指标。饮用水中的病原体包括细菌、病毒以及寄生型原生动物和蠕虫，其污染来源主要是人畜粪便。理想的饮用水不应含有已知致病微生物，也不应有人畜排泄物污染的指示菌。为了保障饮用水能达到要求，采用先进高效安全的水处理工艺是很重要的。为此，我国《生活饮用水卫生标准》中规定的指示菌是总大肠菌群，另外，还规定了游离余氯的指标。饮用水中余氯的测定是一项评价饮用水微生物学安全性的快速而重要的指标。

　　饮用水的感官性状很重要，感官性状不良的水，会使人产生厌恶感和不安全感。我国的饮用水标准规定，饮用水的色度不应超过15度，也就是说，一般饮用者不应察觉水有颜色，而且也应无异常的气味和味道，水呈透明状，不浑浊，也没有用肉眼可以看到的异物。其他和饮用水感官性状有关的化学指标包括总硬度、铁、锰、铜、锌、挥发酚类、阴离子合成洗涤剂、硫酸盐、氯化物和溶解性总固体。这些指标都能影响水的外观、色、嗅和味，因此规定了最高允许限值。例如饮用水中硫酸盐过高，易使锅炉和热水器内结垢并引起不良的水味和轻泻作用，故规定其在饮用水中的限值不应超过每升250毫克。不少地区农村饮用水铁锰超标严重，使饮用水浊度超标，味觉较差，感官性状总体使人们饮用时产生厌恶感。

　　随着工业和科学技术的发展，化学物质对饮用水的污染越来越引起人们的关注。饮用水中有毒化学物质污染带给人们的健康危害与微生物污染不同。一般而言，微生物污染可造成传染病的暴发，而化学物质引起健康问题往往是由于长期接触有害物质所致，特别是蓄积性毒物和致癌物质的危害。只有在极特殊的情况下，才会发生大量化学物质污染而引起急性中毒。为保障饮用水的安全，确定化学物质等毒理学指标在饮用水中的最大允许限值，也就是最大允许浓度是十分必要的，这是水处理提供安全饮用标准的重要依据。在我国《生活饮用水卫生标准》中，共选择15项化学物质指标，包括氟化物、氯化物、砷、硒、汞、镉、铬（六价）、铅、银、硝酸盐、氯仿、四氯化碳、苯并（а）芘、滴滴涕、六六六。